IE6 lo si poteva disinstallare senza problemi, solo che poi funzionava lo stesso...

(con le versioni più recenti ho ritenuto inutile provare...)
Come dice Iko, non credo ci sia modo per non avere IE; in ogni caso basta non usarlo.
E' anche vero che è un po' strano che ti si spenga il PC, ma considerando le idiosincrasie dei SO M$ neanche più di tanto.
Se comunque hai il dubbio di avere porcheria in avvio scaricati Hijiackthis:
http://sourceforge.net/projects/hjt/
molto utile per individuare/eliminare moduli indesiderati (anche non necessariamente pericolosi), soprattutto grazie alla possibilità di copiare il report sulla loro pagina web (
http://www.hijackthis.de/ ) per verificare i singoli moduli coi feedback di altri utilizzatori del programma.
Un ulteriore step (do per scontato che l'antivirus non ti abbia trovato niente) è quello di verificare la presenza di Rootkit:
http://it.wikipedia.org/wiki/Rootkit
(vedi magari la pagina in inglese che è molto più dettagliata)
