SPOILER
quisdam, sì, l'isola è una tappo (e il tappo effettivamente c'è per davvero, quello che desmond leva e poi jack rimette a posto) per impedire la distruzione dell'isola stessa e (forse) del mondo intero. il male non è da intendere solamente come mib ma proprio come distruzione del mondo.
l'isola detta l'equilibrio dell'intero sistema terrestre... e chissà, forse anche dell'universo!
il fumo nero secondo me è un'incarnazione (o bisognerebbe dire "un'infumazione"

) di parte di questo male... qui il discorso è un po' aperto... in "al di là del mare" scopriamo che il fratello di jacob, quando era ancora in vita, non era poi così cattivo come si era lasciato intendere nelle precedenti 5 serie: era semplicemente un uomo come altri con tanta voglia di andarsene dall'isola.
il cambiamento avviene quando jacob, in preda all'ira, lo getta nella cascata di luce... d'altra parte Mother aveva avvisato: la luce non deve essere raggiunta altrimenti le conseguenze sarebbero terribili.
scopriamo quindi che è il fumo nero ad essere la conseguenza: la luce è un luogo sacro, troppo al di sopra della concezione umana, e per questo motivo non può essere raggiunto. ma se un qualunque essere umano non resiste alla tentazione di scoprire coi propri occhi la vera natura di questa luce, viene punito, trasformato nel male.
questa è la mia interpretazione.. ho letto tante valide riflessioni sulla rete, ma nessuna approfondiva sul perché della nascita del mostro di fumo.
riguardo la morte di mib... sì, dal momento in qui des toglie il tappo, per un qualche motivo, la sua l'immortalità cessa rendendolo vulnerabile al proiettile di kate e al volo giù per la scogliera.