Guarda, in realtà si tratta di imparare un limitato set di comandi (che amplierai poi di volta in volta secondo le necessità)
Nella pagina manuali
http://www.lilypond.org/manuals.it.html se parti dall'inizio "Imput testuale" e segui passo passo arrivi rapidamente a comporre i primi spartiti. In pochissimo tempo sei in grado di scriverti tranquillamente gli spartiti che vuoi.
Una volta che hai installato Lilypond e Frescobaldi, apri solo Frescobaldi, nella finestra di sinistra scrivi il file spartito, poi cliccando il pulsantino a forma di ingranaggio/margherita/sonasegaio fa tutto in automatico. Chiama il compilatore, compila e di restituisce il pdf e il midi (se lo hai chiesto)
Se vuoi ti mando un file di uno spartito che ho trascritto, lo copi dentro frescobaldi e così vedi come funziona.