Ora che leggo bene..ma hai windows 2000? In xp il notepad non sta nella cartella system32, mi sembra che in tutte le versioni di windows stia in c:\windows (o winnt).
Prova a fare cos?. Prima assicurati di avere il notepad.exe anche in d:\winnt.
Cancella quel notepad.exe da d:\winnt\system32\
Prendi un file qualsiasi, crea una copia in system32 e rinominalo in notepad.exe e settalo come sola lettura.
Riavvia tutto e vedi se crea problemi.
EDIT: Sono andato a controllare e ho visto che notepad ? sia nella cartella Windows che nella cartella Windows\system32. Il notepad che sta nel men? start punta a quello nella cartella system32. Quindi prova a fare quello che ti ho detto e poi fai puntare il collegamento al notepad nella cartella winnt. Vedi se ? infetto pure quello..
Ps. prova con avast..mi ha risolto un paio di problemini del genere..
